Łączenie terapii nie jest dobrym pomysłem. Wprawdzie rodzic może mieć poczucie, że bardzo pomaga dziecku, wożąc je wciąż w nowe miejsca. Jednak pracując kilkoma metodami, nie pracujemy tak naprawdę żadną, gdyż nie mamy czasu na niezwykle ważną utrwalającą pracę z dzieckiem w domu. Po drugie, stosowanie wykluczających się terapii bardziej szkodzi niż pomaga dziecku.

Niekorzystne i wykluczające się z Metodą Krakowską są te terapie, które:

- pogłębiają zachowania autostymulacyjne i stereotypowe u dziecka, nie wyciszając ich, tylko podążając za nimi;

- stosują nagrody (np. jedzeniowe), zamiast dążyć do sytuacji, w której radość z własnego sukcesu lub pozytywne słowa terapeuty (brawo!) są nagrodą dla dziecka;

- uczą wyizolowanych gestów i zachowań (np. klaskania na komendę, czy siedzenia przy stole bez ruchu), zamiast uczyć sekwencji gestów i pokazywać ich powiązania z daną sytuacją (np. nauka gestu pa pa na koniec zajęć, czy rozłożenia rąk w geście nie ma, gdy nie wiemy, gdzie coś jest);

- nie proponują spójnego programu nauczania systemu języka, co prowadzi do wykształcenia mowy nominalnej u dziecka, czyli używania głównie rzeczowników przy braku umiejetności budowania zdań, a przede wszystkim formułowania pytań;

- wspierają oburęczność dziecka, proponując te same zadania dla obu rąk, podczas gdy w terapii MK wypracowywana jest dominacja jednej ręki dla czynności precyzyjnych, aby przyspieszyć formowanie się przewagi lewej półkuli dla zadań językowych;

-  za bardzo wspierają prawą półkulę dziecka, proponując głównie zadania wizualne i muzyczne, co nie jest wskazane dla dziecka, które nie mówi;

- proponują naukę czytania globalnego, która nie sprawdza się dla fleksyjnego języka polskiego.

Przy wyborze terapii warto mieć świadomość istnienia tzw. okna podatności, czyli czasu, który ze względów neurobiologicznych jest najbardziej optymalny na opanowanie danej funkcji (mówienia, chodzenia, gryzienia itp.). Na przykład dla mowy taki najlepszy czas jest do 3-4 roku życia. Dziecko starsze nie opanuje już języka w stopniu równie dobrym, a po 10 roku szanse na mowę spadają właściwie do zera. Właśnie ze względu na ten krótki cenny czas warto pamiętać, że psy, konie i delfiny, chociaż są wspaniałymi zwierzętami i mogą wspomóc rozwój dziecka, to jednak nie nauczą go mówić ani nie wdrożą do życia w społeczeństwie.